返品について、当店で過去に事例のない件で、悩んでいるため相談させていただきます。

お客様より返品希望(4点注文したが3点しか入っていない為)のご連絡をいただき、本日返送商品が到着しましたので、確認したところ2点しか返送されておらず「2点しかはいっていなかった」とのメモが入っていました。
おうかがいしたい事は下記の通りです。
・全額返金するべきか
・返ってきた商品分のみの返金でもいいのか
・返品希望の連絡があった時点での対応に問題はなかったか
・今後対策できることはあるか

お客様の注文からのやり取りは以下の通りです。

4/18：2件注文あり、うち1件オーソリNGだったため、オーソリOKの注文に同梱することに電話にてご了承いただき、発送手配、発送(宅配便)。
4/24：運送会社より転居で配達できない、住所確認依頼あり、電話にて連絡するもコールのみ。
　　　同日折り返し電話あり。転居はしていないとのこと、急いでいるとのことで運送会社よりお客様にお電話いただき、再配達手配。
4/25：配達完了。運送会社の誤解で転居ではなかった。
　　　同日、4点注文したのに3点しかはいっていなかった、急いでいたので交換には間に合わないため返品したいとの旨、電話にて連絡あり。クレジットの売り消しを早くしてほしいのですぐ連絡したが、いつになりますかとのご質問あり。発送ミスとして返品を承り、着払いにて返送手配。
4/26：集荷。クレジット売り消しの件で電話するもコールのみ。
5/1：商品受け取り。2点のみ返送確認「・送られてきた袋が開いていた。・商品２点のみしかはいっていなかった」とのメモ入り。

当店では4点お届けしたつもり(極まれにミスがあるため、絶対とは言い難いです。)でしたので、3点返ってきて全て返金予定でしたが、
・最初の返品理由と少し異なった数量の返品であること
・4/26から電話するもコールのみで、以前は折り返しお電話くださっていましたが折り返しの電話もないため確認できない


長くなりましたが、何卒よろしくお願いいたします。