上記内容について、
店舗運営Navi&ヘルプチャットで下記内容で回答がありました。
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①店舗カルテ>分析用レポートの「売上金額」→「クーポン値引き”前”の金額になる」
②店舗カルテ>売上　の「売上」→「クーポン値引き”後”の金額になる」

楽天の案内どおりなら①と②は違う金額になるはずなのですが、同じ金額が表示されています。
確認用に受注処理に使用しているネクストエンジンから確認してみたところ、
①、②ともに「クーポン値引き"後"」の金額のようです。

同様の確認をされたことがありましたら、ぜひご教示いただきたいです。
よろしくお願いいたします。