お世話になっております。
当店では以下2つのメール便を利用しています。
　日本郵便「ゆうパケット」
　ヤマト運輸「ネコポス」
どちらも追跡可能メール便で、発送にあたってはRMSにお問合せ番号を入力、
お客様への発送完了の報告メールではお問合せ番号もご案内しています。

現在、R-Storefrontの「基本情報設定＞配送方法・送料設定メニュー」では
「メール便」にまとめて登録、注文頂く商品内容によって
「ゆうパケット」「ネコポス」を当店で判断、
購入決定時に入力される暫定送料500円の送料を修正する形で対応しています。
https://www.rakuten.co.jp/SHOP-URL/info2.html

正直、ユーザー様には非常に分かりにくいのですが、
荷物のサイズによって「ゆうパケット」190円と250円、「ネコポス」250円と異なり、
一箇所の送付先でも複数通でのメール便発送にも対応したいために
上記のような内容となっています。

ここで質問ですが、
実態に合わせて「追跡可能メール便」に登録し直すべきでしょうか。
現状の「メール便」への登録を続ける事で何かしらのデメリットは
実際に生じている、今後生じると思われますか？