楽天ペイでの発送完了メール送信フローについて困っており、ECマスターズの皆様、諸先輩方のアドバイスを頂けけないでしょうか。

当店のフローは以下のとおりです。

1．出荷が終わった段階で「発送待ち」ステータスに入っている注文と、出荷指示書兼出荷明細書のつき合せをして、該当注文にチェックを入れます。
2．チェックして選択が完了したら、「一括処理」で発送日を入力します。
3．対象注文に対して発送完了メールを送ります。
4．サブステータスを「発送完了」にします。

ここで問題なのは2番です。「一括処理」で発送日を入力すると、今まで選択していたチェックが外れてしまうからです。
更に3番ではメール送信完了画面にならず送信できたかどうか一瞬戸惑いますし、もちろん選択も外れます。

選択が外れてしまうので、1番の作業を2番、3番の後に再度行う必要が出てしまうのでとても手間がかかっています。

今はまだそれほど注文が多くないのでいいですが、このままでは繁忙期を乗り越えられるか心配です。
第1はミスがないこと、第2は効率よく作業できることですが、当店のフローはどこか間違いがありますでしょうか。こうすればどう？などアドバイス頂ければ幸いです。

よろしくお願い致します。