弊社商品の一部が指定したカテゴリに表示されていないことが判明し
Yahooショッピングに問い合わせをしましたところ
6月下旬に発生しておりました不具合が復旧できていないようでした。
https://store-info.yahoo.co.jp/shopping/topics/accident2022/01/220621-9.html

対処法を確認しましたところ、不具合が発生している商品をフォームに記入すれば対応するとのことです。

質問内容ですが、商品にカテゴリを指定しているにもかかわらず、実際のカテゴリページで表示されていない商品を効率良く調べる方法はございますでしょうか？

商品に登録しているカテゴリ自体には問題はありません。