ヤフーショッピングではPayPayクレジットと、PayPay残高等を併用してご購入頂いたお客様の購入金額を店舗側で訂正すると、PayPay残高等が使用できなくなり、全額PayPayクレジットでの支払いになってしまう仕様であると知りました。
当店で送料を訂正することが度々発生する運用方法なのですが、お客様とのトラブルを避けるため、この送料訂正をなくしたいと思っており、設定のアドバイスを頂けないでしょうか。

現在以下のような配送方法があります。
定形外郵便送料無料
ネコポス送料無料
宅配便送料別
宅配便送料無料

また、配送方法が共通しない場合の配送グループに宅配便送料別の配送方法をセットしており、定形外送料無料とネコポス送料無料のような組み合わせで購入されたお客様にはこちらで送料を0円に訂正するという流れです。
ぜひアドバイスお願い致します。