無在庫で、お客様の受注を受けてから、メーカーに発注してRSLの倉庫に入れてもらって顧客に発送しようと思いますが問題ないでしょうか？

また、そのような方法を取る場合の設定として

RSLでも在庫が補充されてから発送になるので、RSLのスケジュールで送る事が出来ません。

発送をRSLのままで良い方法があれば知りたいです。RSL最短日時表示は利用していません。最短可能日設定を利用しています。

特定商品のみRSLのスケジュール外の納期表示は無理でしょうか？

無理でしたら、自社発送の設定にして納期情報を表示して、在庫が入り次第発送しようと思います。