お世話になっております。
リアンです。

商品編集＞在庫・配送＞在庫設定＞在庫切れ時の注文で
「在庫切れになっても注文を受け付ける」のチェックを外せません。
外しても勝手にチェック状態に戻ってしまいます。
楽天にも問い合わせしましたが、
APIソフトの会社に聞いてくださいと言われて、
今出荷できない注文が増えています。トラブルの原因と解決策について伺いたいです。

利用しているツールは【CSVアップロード予約】のみですが、ここ2日間は利用していません。しかし、トラブルが続いています。

「商品管理番号（商品URL）、商品番号、商品名、SKU管理番号、システム連携用SKU番号、ポイント変倍率、ポイント変倍率適用期間（開始日時）、ポイント変倍率適用期間（終了日時）」の8項目をアップロードするために利用しています。

ちなみに、「在庫切れになっても注文を受け付ける」という項目は含まれていません。

API情報を記入するだけで、何らかの影響で自動的にチェック状態に戻ることがあるのでしょうか？

ご確認いただけますでしょうか？