Yahoo!ショッピングの購入履歴から領収書をダウンロードできない支払方法に対して、お客様から領収書発行(弊社のインボイス番号あり)のご依頼をいただいた場合の対応のアドバイスをいただきたいです。

お客様から領収書の発行を求められた場合、発行対応の原則があるかと思います。
ただ、店舗側はお客様の手元に領収書がある状態での二重発行を避けなければならないかと思います。

銀行振込(前払い)
コンビニ(セブンイレブン、ファミリーマート、ローソン、郵便局ATM)前払い
ゆっくり払い

上記支払い方法で当社名義のインボイス番号ありの領収書をご依頼いただいた場合、重複発行にあたらないやり方をご存じでしたら教えていただけると助かります。

銀行振込やコンビニ払いなど、払込受領証や振込票の控えなどが領収書として扱われており、これが紙媒体としてあるなら弊社に返送を求め、引き換えで発行が一般的な考え方だと思います。
ただ、インターネットでダイレクトに出来てしまうものもあるので、そもそも紙の控えがない場合があります。
振込確認のスクショを送ってもらうのがいいのでしょうか？
そもそも返送の必要はないのでしょうか？

楽天市場は購入履歴からの領収書が銀行振込もコンビニ(前払い/後払い)の両方とも対応していて楽なのですが、Yahoo!だけ個別基準を設ける必要がある状態です。

以上、ご確認のほどよろしくお願い致します。