RMSについてですが、

取り扱っている商品にはサイズの種類がたくさんあり、梱包サイズも大きく変わります。

そこで今までは、了承の上、一定のサイズを超えたものを選択されると後から送料をRMSにて追加しておりました。

SKUに移行したからか、それができなくなりました。
正確にはRMSの受注画面で送料を記入する欄はあり記入はできるものの、数字を打ち込むと0に戻ってしまうようになってしまいました。

商品価格に転嫁してしまうと、1つだとこちらが損しますし、たくさん買われる場合だとお客さんが損をしてしまいます。

SKUに移行したことで、SKUごとに送料を指定しなければならなくなったということでしょうか？