いつもお世話になっております。

今後、項目選択肢の画像を登録していないと、お客様が絞り込みを行った場合に、そもそも自社商品が検索に引っかからなくなるのでしょうか？

少なくとも今の段階では、項目選択肢の画像を登録してなくても、絞り込み検索で検索に引っかかることは確認済みです（もちろん、検索に引っかかった時に表示されるのはサムネと同じ画像ですが）。