お客様からの返信メールが他のメールに紛れてしまい見落としてしまうことが何回か起こりました。

楽天のお問合せフォームなどにお問合せ頂く場合は見落としはないのですが、
お客様によっては、弊社からのサンクスメールに返信される場合があり、その場合ですと、
RMS内のお問合せ管理には表示されません。
弊社の通常のメール画面の中に送信されるため、他のメールと紛れてしまいます。
気を付けてみているのですが、お客様自身で件名などを書き換えているときなど、
お客様からの返信メールだと気が付かないこともあります。

このような場合どのような対策がありますでしょうか？
よい方法がございましたらご教示ください。