昨年12月に同様の件名で質問がされております。
https://forum.ec-masters.net/post_view.php?id=17237

この時は、複数個口の伝票番号を「カンマ」区切りや「スラッシュ」区切りで1件目の欄に入力することで発送完了メールの送信作業を効率化できるということで解決したのですが、この対策では問題あることがわかりました。
上記入力を行うと、お客様の購入履歴画面に表示される配送状況が「出荷」で更新が止まってしまいます。楽天に問い合わせると伝票番号は1個ずつ入れないと更新されない仕様とのことでした。
改めて本件につきまして、うまい対策方法はないでしょうか。

具体的には下記を解決したいです。

１）RMSへの伝票番号反映を楽にしたい。現在は発送完了報告データのアップロードで反映しているが、1個ずつ分けて入れないといけないのなら、RMSの注文詳細画面で「＋」ボタン（伝票番号の追加）をいちいち押して入力しないといけない？発送完了報告データの「送付先ID」を何かいじるなどで１個ずつ分けて反映できないだろうか？

２）伝票番号を１個ずつ分けて入力すると、発送完了メールに２個目・３個目の伝票番号が自動反映されないため、発送完了メール送信の手間が増える

ネクストエンジン導入すれば解決出来るということであればそれも検討したいと思います。
情報をお持ちの方いらっしゃいましたらお教え下さい。宜しくお願い致します。