お世話になります。

現在は全商品配送料無料設定しているのですが、10月より郵便法改正で普通郵便の配達日数が遅れるらしいので現在対策を考えております。

現在配送方法をメール便（普通郵便）に設定している商品に追加料金でクリックポストも選択できるように新たに追跡可能メール便（+料金）の配送設定を追加してカート画面で任意に変更ができるようにしてみたのですが、
商品ページの「送料・配送方法」設定が「送料無料」のままだと追跡可能メール便（+料金）の方を選択しても送料が追加されずに送料無料で計算されてしまいます。

「送料・配送方法」設定を「送料別」に設定すればデフォルトでは今まで通りメール便で送料は無料、カート画面で追跡可能メール便（+料金）にお客様が配送方法を変更すれば設定金額が＋計算されるようにはなったのですが、
商品設定で送料別設定にしてしまうと、たとえデフォルトのメール便が送料無料だったとしても、お客様が検索ページで送料無料にチェックを入れて絞り込み検索されると検索結果に表示がされなくなってしまいます。

これだと流入にかなり影響が出そうな気がします。

商品の設定は送料無料のままで、配送方法の変更を希望する方だけ追加料金を徴収する方法は何かないでしょうか。

ヤフーの方は基本設定が送料無料でも配送方法変更で追加料金徴収設定ができるのですが、楽天はこれができずに困っています。