タイトルの通りストアクリエーターのトリプル管理ツールで見えるファイルがFTPクライアントソフトから見えないものがあります。

別の場所を参照しているのかと思い、ストア情報でホスト名、ユーザー名を確認しましたが違いはないようです。
原因はわかりますでしょうか。
Yahooのサポートに聞いたところ、各FTPクライアントはサポートしかねるとのことでしたので、どうぞよろしくお願いします。

ちなみにFTPソフトはMacのTransmitです。