お世話になっております。

楽天ゴールドの直下に、index.html　と js など関連フォルダ、ファイルを設置しました。
すると
ゴールド直下ではカルーセルとハンバーガーが機能しません
https//www.rakuten.ne.jp/gold/SHOP-URL/r-index.html

ゴールドのサブフォルダ内に置いた場合は、問題なく機能します
https//www.rakuten.ne.jp/gold/SHOP-URL/sub/r-index.html
画像）under_gold　main.js に問題があると表示され、jsがうまく動きません。
画像）under_gold2　のように、クロームでみると2行目に問題があると出ております。

クロームで見ると
画像）under_gold　main.js に問題があると表示され、main.jsに「×」さらに
画像）under_gold2　のように、2行目に問題があると出ております。


画像）under_sub_folder
警告も出ず、設置したカールセルは問題なく動作いたします。

どういった原因が考えられるでしょうか？
どうぞよろしくお願い申し上げます。