カテゴリ優先順位君にてデータをはき出したところ、以下3種類の数字しか振り分けられていません。
400000000
700000000（倉庫指定）
900000000（在庫なし）
倉庫と在庫なしは間違っていないのですが、それ以外がすべて400000000です。
売れてる商品が上位に出てくるようにしたいのですが、数字が一緒なので実際はそのような見え方になりません。（バックアップを取った上で試しに本番環境にアップしました。求めていた表示結果にはなりませんでした）

マニュアルを再度確認したら、最大1000商品と書かれていることに気付き、
当店は1200以上の商品があるので、それが原因なのかと思っている所です。

商品数が原因だとしたら、何か対策はありませんか？
例えば、最初にダウンロードするデータの商品数をカテゴリをまとめた上で分割してツールを利用する加工するとか。。。
全部で4つのデータを加工する必要がありますし、詳細タイプ（全商品）の猛烈に重いデータを開く必要があるため億劫ではありますが、何かやり方があれば試してみたいです。

1000商品以上を取り扱っている場合
どうやってもランキングデータが反映されないとのことであれば、
「売り切れ商品の表示順位を下に持ってくる」だけの機能として使っていこうかと思います。

ご回答の程宜しくお願い致します。