昨日から上がったので、

成果速報－注文一覧
を見たのですが、同ジャンルなのに、料率が異なります。

2019-07-01 00:24のみ、1.0％でしのたで、これは6/30までの分かなとは推測できますが。
他のでばらつきがあるのは、

https://navi-manual.faq.rakuten.net/promotion/000009878
にあります。
一部のアフィリエイトパートナー及び媒体において、商品ディレクトリID毎に定める料率よりも低い料率を設定させていただく場合があります。

一部のアフィリエイトパートナー及び媒体ということでしょうか？
主にグーグルでしょうか？